首先，公司为个人独资公司，公司的收入也是属于个人所得税的，属于个人所得税里的经营所得。
作为企业投资人，取得种植业、养殖业、饲养业、捕捞业所得是不征税的。
假如不是农业四业所得，是以个独为名义对外投资分回的利息或股息、红利，不并入企业收入，而应单独作为投资者个人取得的所得，按"利息、股息、红利所得"计征个税，应纳税所得额*20%。
假如不是以上两种，缴纳个税时是按照经营所得缴纳的，如果公司层面缴纳过，就不需要再缴税了。
举个例子，如果作为个人独资企业的法人，公司的收入100万元，那么就相当于个人收入100万元，假如扣除成本、费用、损失之后，还剩下80万元，那么这80万元就是应纳税所得额，按照税率表，需要缴纳80万*35%-65500=214500元。
另外，假如公司是查账征收，且全年没有其他任何一笔综合所得，那么缴税时，刨除所有成本以及专项扣除、免征收入之后才是应纳税所得额，也就是说，年终汇算清缴时，是有部分税额可以退的。
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